Σε περίπτωση που ο υποκείμενος στο φόρο χρησιμοποιεί αγαθά και υπηρεσίες για την πραγματοποίηση πράξεων, για μερικές από τις οποίες δεν παρέχεται δικαίωμα έκπτωσης λόγω πραγματοποίησης απαλλασσόμενων πράξεων, ο εκπιπτόμενος φόρος ορίζεται σε ποσοστό επί τοις εκατό του συνολικού ποσού του φόρου των κοινών αυτών εισροών.

Το εκπιπτόμενο αυτό ποσοστό, το οποίο θα εφαρμοστεί στο φόρο των κοινών εισροών βρίσκεται με βάση ένα κλάσμα (Pro – rata), στο οποίο περιλαμβάνονται:

α) στον αριθμητή: οι φορολογητέες εκροές και οι φορολογητέες εκροές εκτός Ελλάδος και οι απαλλασσόμενες εκροές που δημιουργούν δικαίωμα προς έκπτωση,

β) στον παρονομαστή: ό,τι έχει περιληφθεί στον αριθμητή και οι απαλλασσόμενες εκροές που δεν δημιουργούν δικαίωμα προς έκπτωση.

Δεν περιλαμβάνονται στον παρανομαστή οι εξαιρούμενες από το Φ.Π.Α. πράξεις (π.χ. αποζημιώσεις) με εξαίρεση τις μη συνδεόμενες με την τιμή των πράξεων επιδοτήσεις, αποζημιώσεις, οικονομικές ενισχύσεις οι οποίες συμπεριλαμβάνονται στον παρανομαστή εφόσον έχει δημιουργηθεί το κλάσμα της κατ’ αναλογία έκπτωσης από άλλη αιτία. Δεν υπάρχει υποχρέωση δημιουργίας κλάσματος κατ’ αναλογίας έκπτωσης και παρέχεται ολικό δικαίωμα έκπτωσης εφόσον πραγματοποιούνται αποκλειστικά φορολογητέες και εξαιρούμενες (π.χ. είσπραξη αποζημίωσης) από το φόρο πράξεις.

Δεν λαμβάνονται υπ’ όψη ούτε στον αριθμητή ούτε στον παρονομαστή τα ποσά που προέρχονται από:

- παραδόσεις (πώληση κλπ.) αγαθών τα οποία χρησιμοποιούνται από τον υποκείμενο για πάγια εκμετάλλευση στην επιχείρηση,

- αυτοπαραδόσεις ή ιδιοχρησιμοποιήσεις,

- ενδοκοινοτικές αποκτήσεις,

- πράξεις λήπτη και επιστροφές φόρων,

- εκροές εξ αιτίας αγοράς επενδυτικών αγαθών με την ΚΥΑ Π.2869/87 ή αγαθών ή υπηρεσιών σύμφωνα με το άρθρο 39α του ν.2859/2000,

- παρεπόμενες πράξεις σε ακίνητα ή από χρηματοδοτικές ή πράξεις των περιπτώσεων κ΄, κα΄, κβ΄, κγ΄, κδ΄ και κε΄, της παρ. 1 του άρθρου 22 του Κώδικα Φ.Π.Α. (ν.2859/2000), εφόσον πρόκειται για παρεπόμενες της κύριας δραστηριότητας πράξεις.